Ta historia mogłaby zaczynać się od słów "Dawno, dawno temu" i kończyć "I żyli długo i szczęśliwie". Jednak świat, w którym przyszło nam żyć, daleki jest od stereotypów znanych nam z dzieciństwa. Świat ten, świat shinobi, pełen jest nienawiści, cierpienia i trudu. Jednak nawet tu, w miejscu pełnym ciemności, gdzie chwile szczęścia są ulotne jak liście na wietrze, znaleźć można mężczyzn i kobiety, którzy próbują wnieść trochę światła do naszego życia. I to jest właśnie początek Twojej historii. Historii o miłości, przyjaźni i życiu shinobi...

Akcja gry dzieje się 200 lat po wydarzeniach z Naruto. Świat Shinobich jest tuż po 5 Wielkiej Wojnie. Pięć Wielkich Krajów zwróciło się przeciwko sobie, niszcząc się na wzajem prawie do szczętu. Jednak Kage udało się porozumieć i położyć kres przelewowi krwi. Zawarto chwiejny rozejm, wszyscy żywią do siebie jeszcze urazy, ale każda z Wiosek poniosła zbyt dotkliwe straty. Iwa Gakure została zmieciona z powierzchni ziemi.
Wioski powoli odbudowują swoją potęgę, szkolą młodych shinobich i starają się przywrócić równowagę sił i zapewnić światu trochę spokoju. Teraz światu grozi inne niebezpieczeństwo - Seitaro Murasaki i jego organizacja Shirotsuki.
Czy Ty - młody wojownik tkwiący w środku tej historii, będziesz biernie się wszystkiemu przyglądał, czy może będziesz walczył?